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グレイテスト編（ロボットポンコッツ 1 - 4巻）
軽い気持ちで祖父から貧乏会社の社長職を受け継いだユースケ。仕事を増やそうと奔走するうち、最強のロボポン使いを決める「グレイテスト戦」の存在を知る。会社の名前を売るチャンスと、ユースケは参戦を決意。果たしてユースケ達の運命は？増える一方の借金は返せるのか？
バーモント編（ロボットポンコッツ 5巻）
64版の「航海」をテーマにしたオリジナルエピソード。テール王子から各国のグレイテスト1を集めて行われる大会「スペシャリスト戦」の話を聞いたユースケは、全世界に名前を売り込んで今度こそ借金を返そうと参加を決意。ロボまると密航して付いてきたロルの3人で大会の地コビック大陸へ船型ロボポンウーマンボで旅立つ。ところがユースケ達の通る海域は、悪名高い海賊の縄張りだった。
スペシャリスト編（ロボットポンコッツ2 1 - 3巻）
コビック大陸へたどり着いたユースケ達は、ひょんなことからタイムマシンを研究しているフラワー教授と出会い、試作機の実験に付き合わされてしまう。20年前の世界に飛んだまでは良かったが試作機は爆発、帰る手立てを失ってしまう。果たして現代へ戻れるのか？スペシャリスト戦に参加できるのか？相変わらず減らない借金はどうなるのか？
ゲーム版の2のシナリオであるが、異なるところもある。
豪編（ロボットポンコッツ豪! 1巻）
2の後の世界を舞台にしたオリジナルエピソード。スペシャリスト戦で活躍したロボまる人気で量産型のマルスが大量生産されたものの、ブームが去ったあとは捨てられるものが多かった。そんなマルスの一人が、自分を育ててくれた「おっちゃん」の死を機に、山を下り修行の旅に出ることを決意する。伝説のロボポン「カスタまる」になることを目指して…
登場人物
この節は執筆中です。加筆、訂正して下さる協力者を求めています。
主要キャラクター（1、2）
ユースケを除いた人キャラについては菓子名が由来。
ユースケ
1、2を通じての主人公で14歳。祖父のスポロより、ロボポンを使ったなんでも屋「スポロロボテック (SR) 社」の社長職と1億円の借金を受け継ぐ。 ノリと勢いで突き進む性格は、ナースに「いきあたりばったり」と評されるが、実は社員思い。バーモント編で衣装が変わった。
ロボまる
1、2を通じての主人公ロボポンで、SR社社員第1号。少々気弱だが純真かつまっすぐな性格で、名実ともにSR社のエース。
2からメタモルアームを通してロボマルス、カスタまるへの進化（変身）能力を身につける。
ガッツメタルという特殊な金属を外装として使用しており、ロボまるの成長とともに防御力が強化される。
ゲーム本編では、1のサンバージョンで最初にもらえるロボポンである。ゲーム版でのデザインはドラム缶のような胴体を持ったロボポンであったが、漫画版では胴体や四肢がはっきりと分かるものにデザインされている。
;使用技
ファイアナックル（ファイア）
: ロボまるが最初に使用したソフトによる技。開閉する手首部分から炎を出す。スポロ博士とヘッド博士によって作られた。
: 初使用はグレイテスト7・ノロイダー戦。腕部ごと切り離した「ファイアナックル-ロケット」として使用したり、空中で方向転換に使ったりと広い用途をもつ。
ナパームナックル（ファイア+ファイア）
: 両腕からファイアナックルを放つ技で、ファイアナックルと比べて威力が向上。以前から持っていたファイアのソフトと、マーシャルから譲り受けた2つ目のファイアのソフトを組み合わせる事で使用可能に。初使用はチネン・ピッチ軍団戦。
アクアナックル（アクア）
: 手首部分から勢いのある水流を出す技。5巻目の始めでアクアのソフトを追加した事により使用可能に。初使用は、航海前に行った腕試しにて。
スチームナックル（ファイア+アクア）
: 掌部分から高温の蒸気を送り込む。ファイアとアクアのソフトを組み合わせる事で使用可能になる。ジャワ＆ククレ・グラジ戦で一度だけ使用。
スポロ
ユースケの祖父。ロボポンをはじめ様々な機械の開発が得意。しかし採算度外視の傾向が強く、SR社の借金はほとんどが彼のこしらえたもの。
ロル
ヘッド博士の娘でユースケとは幼なじみ。ユースケの事が好きで色々と世話を焼くが、マーシャルなどの横槍でなかなか進展しない。
全登場キャラの中で最大級のバストの持ち主。バーモント編、スペシャリスト編それぞれで一回ずつ衣装が変わった。ゲーム版でのデザインから大きく変わっているキャラの一人。
ビスコ
ユースケの天敵で金持ちの息子。見た目も性格もガキ大将で、子分を2人引き連れている。親は建設会社を経営しており、SR社に1億円を貸している。
ノロイダー
ビスコの所有するロボポン。沈着冷静でロボまるの好敵手。呪術を用いた戦法、格闘戦を得意とする。
本人は知らないが、ロボまるの誕生に深く関っている。
バード島でロボまると再戦する際にオーバードライブを、スペシャリスト編の終盤でノロイガーの進化能力を会得する。
コジロウ
真面目でカタブツの侍型ロボポン。ロボまるに敗れSR社入り。
得意技は戦闘力を一気に解放し、短時間パワーアップをする「オーバードライブ」。
ナース
ヘッド博士が開発した看護婦型ロボポンのプロトタイプ。SR社では経理を担当。そのためスポロが何かを発明するたび「借金〇〇円追加」といっている。
的確かつ冷酷無比なツッコミ役で、彼女に言い返せる人物は敵味方問わず皆無。戦闘では銃器類を扱う。しかし1ではほとんど戦っておらず持っていた武器も見かけ倒しのことが多かった。
コナース
ナースのアシストを勤めるロボポン。ナースとリンクして知覚を共有する事も可能。自身の感情はあるみたいだが、自分から喋ることがない。
トリペル
元々は、求人広告を見てSR社入りしたロボポン「トリペラ」だったが、入社の際スポロに改造されてヘリコプター形ロボポンになった。おしゃべりで頭の回転は速いようだが、余計な事ばかり考えている。趣味は早口言葉。好きな芸能人は江戸家猫八必殺技は、スーパーエクセレントデラックスハイパーマーベラスウルトラアルティメットビッグスペシャルワンダホーパンチ（のちにキックになる）と言ったものすごく長い名前の普通のパンチ（キック）
タンサン
ロボまるより前にスポロが開発した電池型ロボポン。ロボまるの兄貴分的存在で、エネだまを使用することによりタンニーに一時的に進化可能。スペシャリスト編ではタンイチへの進化能力を得る。旅（野宿）が好きらしい。実力はあるのだが、運が悪い為、チームをくじで決めていた対スペシャリスト戦では活躍していない。
ゲーム本編では、1のスターバージョンで最初にもらえるロボポンである。
マーシャル
ビスコの所有する女性格闘家ロボポン。グレイテスト戦で敗退後、ストーン、キュータとともにSR社入り。
威勢のいい姉御肌でユースケを気に入っており「ダーリン」と呼ぶ。性格の不一致とそのことで、ことがあればロルとケンカしている。スペシャリスト編にてマーシャスへの進化能力を獲得。
ストーン
石（？）型ロボポン。無口で地味だがれっきとしたSR社社員。ちなみにビスコに入た時とSR社に入社してからでは、目つきが違う。
キュータ
触手の生えたロボポン。無口かつ常に笑顔で、何を考えているのか不明。
プラティナ
ワイルドからSR社に託されたロボポン。巨体だが心は全く成長しておらず、いわば赤ん坊。グレープジュースが好き。
カミサマ
ユキダンとともにSR社入りした読者公募の仙人型ロボポン。時折「お告げ」を語ったり（しかも全て的中）と謎が多い。
ユキダン
カミサマと同じく読者公募の雪だるま型ロボポン。ロボまる以上に押しの弱い性格だが、2では彼女が出来たせいかユキガン、ユキャノンへ進化する。
ムサシ
二天一流を標榜する侍型ロボポン。実力は全登場キャラでも一二を争うほどだが、食い逃げの常習犯でもある。ノロイダーとは旧友。オーバードライブが使える。彼の前ではコジロウが凶暴化する（かつて、間接的にではあるが自分の作られた研究所を潰されたため）。
武器である二本の櫂には「LIKE A ROLLING STONE」と書かれている。
主要キャラクター（豪）
マルス
豪編の主人公ロボポンでロボまるの量産型。育ての親「おっちゃん」の手により各部に改造が施してあり、部分的に変形、パワーアップできる。
人間に捨てられた過去を持つため人間嫌い。
ケン
ラクガンの町でマルスが出会った少年。明るく素直だがちょっと天然。
ヒカル
ケンの姉で、ロボポン病院を開業している。性格はケンと同じであるが、さらに天然である。
カックン
蚊型のロボポン。山賊と一緒に悪さをしていたが、マルスと行動を共にする。
ホワチョウ
道場破りで各地を回っているロボポン。功夫とヌンチャクを駆使して戦う。マルスとの勝負に敗れてからは一緒に旅をすることに。
サンショウ
各地のバトロボ大会に出場している、凄腕のバトラー。見た目は子供のようだが、れっきとした大人である。
ジュバーク
サンショウの所有するロボポン。前2作に登場したノロイダーに酷似している。胸部の閉じた眼の部分が開くと、とてつもない力を発揮するようだ。
メルリアス
バトロボ大会でマルスが戦った相手。「強くて優しくてカッコよく素敵な変身まで出来る」伝説のロボポンに憧れている。人魚型のロボポン・ルフィンを2体従えている。
ゲーム版では64から登場した、ロボまるの女性型とも呼べるロボポン「メルリン」の進化した姿である。
謎のロボポン
虚無僧の格好をした正体不明のロボポン。尺八で「ドナドナ」を演奏し、山賊との戦いでピンチに陥ったマルスを救った。ジュバークとは顔見知りのようである。その正体は前作に登場したコジロウ。マルスを開発したとされる人物に頼まれ、マルスを見守っている。
グレイテスト
アムロン
グレイテスト6。出す曲全てがミリオンセラーのスーパーアイドル。ロボまるも自室にポスターを貼るほどの大ファンである。人気がなくなるのを恐れ、衛星放送を悪用して洗脳電波を流していた。ロボまるに説得されて改心し、現在はまっとうな方法でヒット曲を連発している。名前の由来は安室奈美恵。
ワイルド
グレイテスト5。ニコニコ爆走族という暴走族の頭。ひどく飽きっぽく、かつ目立ちたがりである。目立てるなら暴走族だろうがロックシンガーだろうがグレイテストだろうが何でも良い。
カマット
グレイテスト4。クーデターを目論むオカマの軍人（と思われている）。実際にはオカマではなく熟年女性だが、カイゼル髭が生えている。ホストクラブに通うセレブよろしく、ユースケとコジロウを狙っている。
ヘッド博士
グレイテスト3。ロルの父でロボポン研究の第一人者。とある理由から戦いを極端に嫌っている。スポロとは良き親友である。
テール王子
グレイテスト2。1の舞台となるテール王国の王子。ダース姫という婚約者がいる。元々はグレイテスト1だったが、物語終盤でドクター・ゼロに敗北、トップの座を明け渡す。
ドクター･ゼロ
グレイテスト1。ヘッド博士と並び称されるロボポン研究の第一人者。20年前にクーデターを起こし、死亡したと思われていたが…
バーモント一家
5巻に登場した漫画版オリジナルエピソードの敵役。キャッチフレーズは「寝た子も泣き出す悪党集団」。頭目のバーモント、海賊頭のマルシェ、空賊頭のコクマロ、山賊頭のジャワ&ククレ、盗賊頭のカリーヤと、多くの手下で構成されている。名前はいずれもハウスのカレーに由来しており、旗のマークもりんごと蜂蜜となっている。クージラン（空母）と多数の船を所有している。
バーモント
バーモント一家を統べる男で、渋い着物の上にマントを羽織っている。丁寧語で話し、その口調は軽い。ユースケから、髪型を蝋燭の炎に見立ててローソク男と称される。パートナーロボポンは、ロッポニカ（ちなみに、シフォンがアーマーを装備しているという設定であり、アーマーパージする事でシフォンに戻る事が出来る）。
マルシェ
アラビア風の盗賊のなりをした男。身体はやや太めで背が低く、大きなひげを持つ。パートナーロボポンは、カイゾーク。
コクマロ
大工の親方のような風体で、江戸弁口調を話す。パートナーロボポンは、ザリガ（エネだまで、ザリーグに進化可能）。
ジャワ&ククレ
双子の海賊。基本的に、端から見るとスーツを着た仮面つきの大男に見えるように、肩車をしている。ちなみに、上半身を兄のジャワが、下半身を弟のククレが担当している。パートナーロボポンは、グラジとタンクー。
カリーヤ
一家の紅一点で、チャイナドレスを身に着けている。行商人に変装してユースケ一行に同行し、戦い方を見定めていた。パートナーロボポンは、ヌーハーフ。なお、カリーヤは初の「巨乳ではない女性キャラ」として注目されたが…
スペシャリスト編
フラワー教授
ヘッド博士の旧友でタイムマシンの研究をしている。なぜかほとんどが便器型。
ノーズ
フラワーの助手。漫画版で数少ない「鼻」の持ち主。
ゾロ
船が難破して気絶したユースケを介抱してくれた仮面の男。とある理由でタイムマシンの研究をしている。
カーメンおじさん
スペシャリスト7。ファラオのような格好でピラミッド型の家に住む。妻子持ち。
ブルート
スペシャリスト6。コヅレサーカスの座長。謎の生物パッパ族を探している。
レイナ
スペシャリスト5。自称宇宙人で、散り散りになった仲間を探している。
レッドン
ゼロが開発したサイボーグ。過去のネンジ谷でユースケに戦いを挑むも敗北。ゼロの手によって消されてしまう。
グリンピース
ゼロが造り上げたサイボーグ。ロボポン軍団を率いて、レイナの仲間を人質に取りスペシャリストの称号を奪おうとする。最後はロボオーロによって始末される。
ブルータス
ゼロによって生み出されたサイボーグ。ゼロの命令でスペシャリストを奪う為デビクロウと共にデリシャス城を襲撃。後に戦艦を襲った際、任務失敗したうえ海底に沈んでしまう。泳げないらしくその後の行方は不明。
デビクロウ
ドクター・ゼロの開発したロボポン。ロボまるに強烈な対抗意識を燃やしている。デビクロスに進化可能。更に、物語の終盤でロボオーロを吸収し、デビクロアに進化する。
ロボオーロ
ドクター・ゼロの開発したロボポン。強大な戦闘力と冷静な状況判断力を併せ持つ。寡黙で生真面目な性格。
その他
ロボゼロ
20年前、ドクター・ゼロが開発したロボポン。ロボポンに無くてはならない心（ハート）を持たず、禁じられた武器類を多数装備している。
ムサシやノロイダーと交戦、一度は破壊されるが、その後スポロに拾われハートを組み込まれた。それが誰であろうロボまるであった。
漫画作中には登場していないが、ムーブ族、ブート族のロボゼロが存在（漫画作中のものはアーム族）したが、その2体はガンマン型ロボポンのキッドとの戦闘で大破している。残ったアーム族のロボゼロも、キッドとの戦いで深手を負い、少しずつ調子が悪くなっていった。
ドラゴ / ゴールドン / ゾンビーニ
各地で破壊の限りを尽くした、ロボゼロ率いるドクターゼロ直属のロボポン精鋭部隊「黒の部隊」に属していたロボポン達。いずれも改造により凶悪な能力を有している。
ロボゼロの活躍を快く思っておらず、テール城での戦いで事故に見せかけ破壊しようとするが、仲間に裏切られた事により強いショックを受けて暴走したロボゼロによって逆に破壊されてしまう。