水分子は
水分子は、電気陰性度の大きい酸素原子に電気陰性度が小さい水素原子が2個結合し、それが折れ線構造をとっている。その構造上、酸素原子にはδ−、水素原子にはδ+といった極性を有する。水分子は、近くの水分子と負に帯電した酸素と正に帯電した水素の間で水素結合を作り、それにより巨大な分子集団であるクラスターを形成しているといわれている。
クラスターはH2Oがn個、上述のようにδ−とδ+によって結合しているが、この結合は6Kcal程度と非常に弱く、磁場の働きで容易に分離するために水の特性が変化するのではないかという仮説がある。
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水の特性の変化は磁気の影響でクラスターが小さくなったからであるという説明もある。磁気活性水の推進者などは、クラスターの大きさは自然界の水で12個程度、水道水で40個程度であり、磁気をあてることによって水分子6個以下まで細かく分解し、これにより水の浸透性・生物への吸収性・物質の溶解性が向上すると主張している。磁場中を通した水を測定した場合、質量の低いクラスターの割合が増えることが観察された。
しかし、一方では水のクラスターモデルについては信頼性のある文献において十分な言及はなされていないという批判がある。お茶の水女子大学のウェブサイトに掲載されているクラスターモデルへの批判は、山形大学教員の天羽優子が公開していた。批判は、科学論文を引用しているが公開された文章については査読が行われた論文ではない。